Photius wurde noch während des byzantinischen Bilderstreits geboren und war davon auch direkt betroffen: eine Synode 837 verurteilte ihn und seinen Vater zusammen mit dem Patriarchen Tarasius .

Nach Beilegung des Bilderstreits gab es unter den Ikonodulen (Bilderverehrern) zwei Fraktionen: die von der Kaiserin Theodora III. unterstützten kompromisslosen Radikalen, die auch jede weltliche Bildung ablehnten, hauptsächlich Mönche, und die Moderaten, zu denen die gebildete Elite bei Hof gehörte. Der erste Patriarch nachdem Bilderstreit, Methodius I. , gehörte zur moderaten Fraktion, sein Nachfolger Ignatius I. war ein Radikaler.

Im Westen waren seit (800) vom Papst Karl der Große und sein Sohn Ludwig der Fromme vom Papst zu dem Kaiser gekrönt worden. Aus Sicht der hochkultivierten Kaiserstadt Byzanz war es einmal ein absoluter Affront, einen ungebildeten, unkultivierten Barbarenfürsten als Parallel-Kaiser zu krönen und dann auch praktisch eine Rebellion von Seiten des Papstes -- die allgemeine Meinung von Rom war ziemlich schlecht.

Im Westen war, parallel zu dem Patriarchat von Photius, Papst Nikolaus I. (858-867) in dem Amt, ein entschiedener Verfechter des päpstlichen Primats über alle anderen Patriarchen. Ein latenter Konflikt zwischen Rom und Konstantinopel war Illyrien, Sizilien und Kalabrien, die Kaiser Leo III. in dem 8. Jahrhundert der Jurisdiktion von Konstantinopel unterstellt hatte, und die Nikolaus für Rom zurückgewinnen wollte ,und ein anderer Konflikt betraf die Mission in dem Osten, wo Missionare beider Seiten die gleichen Gebiete für ihre Kirche beanspruchten.

Photius kam aus sehr guter Familie: sein Vater Sergius gehörte zur Leibgarde des Kaisers, der Patriarch Tarasius Nikephoros (784-806) war der Onkel oder ältere Bruder seines Vaters, und einer seiner Brüder heiratete die Schwester der Regentin Theodora.

Er studierte in Konstantinopel, dem Zentrum der damaligen Bildung, und lehrte schon früh selbst an der dortigen Universität Grammatik, Rhetorik, Philosophie und Theologie, wobei er den Ruf eines außergewöhnlich gebildeten Mannes hatte. Zu seinen Schülern gehörte Kyrill, der spätere Slawenapostel und der spätere Kaiser Michael III. . Aus seinen Werken geht hervor, dass er ein ausgezeichneter Philologe, Exeget und Kenner der Patristik war.

Gleichzeitig machte er auch bei der byzantinischen Regierung Karriere, er war Kommandant der Leibgarde und dann erster kaiserlicher Sekretär.

847 wurde der radikale, erzkonservative Ignatius I. , Sohn des Kaisers Michael I. und Abt eines Klosters von Kaiserin Theodora als Nachfolger des früh verstorbenen moderaten Patriarchen Methodius I. eingesetzt. Er verursachte innerhalb von kurzer Zeit eine Spaltung zwischen radikalen und moderaten Bischöfen. Als 856 Kaiser Michael III. volljährig wurde, legte sich Ignatius mit dessen Onkel Bardas an, der die gebildete moderate Fraktion unterstützte. Es ist historisch nicht möglich festzustellen, wie groß der jeweilige Wahrheitsgehalt der gegenseitigen Vorwürfe war -- jedenfalls endete der Konflikt 858 mit dem (mehr oder weniger erzwungenen) Rücktritt von Ignatius.

Kaiser Michael und Bardas wählten den Laien Photius, der sich durch administrative und akademische Fähigkeiten ausgezeichnet hatte, zu dem neuen Patriarchen, der innerhalb von einer Woche zu dem Patriarchen geweiht wurde. Wie üblich, informierte er seine Kollegen in Rom, Alexandria, Antiochia und Jerusalem bezüglich seines Amtsantritts, wobei er gegenüber Rom den traditionellen Ehrenprimat von Rom durchaus anerkannte.

Es gab keine Probleme mit den anderen östlichen Patriarchen. Auch Papst Nikolaus antwortete freundlich, wollte sich aber noch näher über die rasche Ordination informieren. Er sandte darum zwei Legaten, die als zweiten Auftrag Illyrien, Kalabrien und Sizilien wieder für die Jurisdiktion von Rom zurückgewinnen sollten. Die beiden Legaten kamen, nahmen 761 an einem von Photius einberufenen Konzil teil, behandelten den Fall, und befanden den Rücktritt von Ignatius und Amtsantritt von Photius als legal und kanonisch. Das zweite Absicht konnten sie allerdings nicht erreichen.

Zurück in Rom erstatteten sie Bericht. Enttäuscht über den Fehlschlag bei der Rückgewinnung der Provinzen, erklärte Papst Nikolaus die Behandlungsergebnisse für null und nichtig, exkommunizierte die beiden Legaten, und erklärte die Weihe von Photius sei ungültig, Photius sei abgesetzt, und Ignatius wieder eingesetzt. Photius ignorierte das offiziell, verfasste jedoch für den Kaiser einen Brief, im Nikolaus als Untertan des Kaisers angeredet wurde -- was nicht überraschend eine hitzige Antwort von Rom bewirkte.

Unterdessen war es noch auf einem anderen Gebiet zu dem offenen Konflikt gekommen. Unterstützt von Kaiser Michael, engagierte sich Photius in der Mission bei den Rus, Bulgaren, Bewohnern Groß-Mährens und Chasaren. Photius hat einen entscheidenden Anteil an der Christianisierung dieser Völker. Bei den Bulgaren kam es zu einem weiteren Konflikt mit Rom, das ebenfalls Jurisdiktion über die Bulgaren beanspruchte -- und hier erfuhr Photius alarmiert, dass die römischen Missionare ein anderes Glaubensbekenntnis lehrten (mit dem Filioque).

Nun schlug Photius offiziell zurück. In einer theologisch perfekt ausgearbeiteten Enzyklika an die östlichen Patriarchen exkommunizierte er seinerseits den Papst, da die Lateiner falsche Bräuche haben, indem sie am Samstag fasten, die Fastenzeit erst am Aschermittwoch beginnen (anstatt drei Tage früher wie in dem Osten), den Priestern nicht erlauben, zu heiraten (lateinische Missionare hatten in Bulgarien Taufen von verheirateten Priestern für ungültig erklärt), den Priestern nicht erlauben, die Firmung zu spenden (lateinische Missionare hatten in Bulgarien Firmungen durch Priester für ungültig erklärt), und, als wesentlichstes, auch eine häretische Lehre, indem sie das Filioque zu dem Glaubensbekenntnis hinzugefügt haben.

Aufgrund dieser Irrtümer seien der Papst und alle Lateiner: "Vorboten des Abfalls, Diener des Antichristen, die tausend Tode verdienen, Lügner, Kämpfer gegen Gott".

Diese Enzyklika wird von der römisch-katholischen Kirche als Ursache des Schismas angesehen. Aus orthodoxer Sicht verteidigte Photius die überlieferte Lehre und die traditionelle patriarchale Autonomie -- er führte nichts Neues ein, sondern wehrte sich gegen die einseitigen Neuerungen von Seiten Roms.

Bei dem Konzil 867 wurde die Exkommunikation von Papst Nikolaus offiziell bestätigt. Papst Nikolaus stirbt jedoch ohne von seiner Exkommunikation zu hören.

Doch nun überstürzen sich auch in Byzanz die Ereignisse. Kaiser Michael III. wird ermordet. Photius verweigert dem Mörder und Usurpator die Teilnahme am Gottesdienst, der Usurpator Basileios I. der Makedonier stürzt Photios und setzt wieder Ignatius I. ein, um zugleich die radikale Fraktion in Byzanz und den neuen Papst Hadrian II. auf seine Seite zu bringen. Ein weiteres Konzil mit wenigen Teilnehmern, heute in der katholischen Kirche das vierte Konzil von Konstantinopel, und kontrolliert von päpstlichen Legaten exkommuniziert und verbannt Photius.

Dieser hatte jedoch stets noch die Unterstützung der großen Mehrheit der Metropoliten und Bischöfe (bei dem Konzil gegen ihn waren zuerst kaum 20 Bischöfe bereit, teilzunehmen). Er enthielt sich weise jeden politischen Angriffs, gab seinen Anhängern jedoch brieflich starke moralische Unterstützung. Schließlich wird er aus dem Exil zurückgerufen und zu dem Erzieher des späteren Kaisers Leo VI. gemacht. Seine Popularität ist so offensichtlich, dass er drei Tage nachdem Tod von Ignatius 878 wieder als Patriarch eingesetzt wird.

In Rom ist unterdessen wieder ein neuer Papst, Johannes VIII., der mit den Franken Probleme hat und darum gute Beziehungen mit Byzanz wünscht. Am Konzil von 879, in der Ostkirche das vierte Konzil von Konstantinopel, das der Papst ausdrücklich anerkennt, wird das antiphotianische Konzil von 869 aufgehoben und Photius voll rehabilitiert. Für den Westen wurde der römische Primat einschließlich Jurisdiktion anerkannt, für den Osten jede päpstliche Jurisdiktion abgelehnt. Auch wird der Originaltext des Nicäno-Konstantinopolitanum ohne Filioque bekräftigt. Damit ist das Photius-Schisma erst einmal beendet.

882 wird Papst Johannes VIII. durch Papst Marinus I. abgelöst, der Photius wieder exkommuniziert, worauf Photius seine Abhandlung über die Mystagogie des Heiligen Geistes veröffentlicht, in der er neben Bibelauslegungen und Zitaten der östlichen Kirchenväter auch spezifisch Ambrosius von Mailand, Augustinus von Hippo und Hieronymus sowie Päpste von Damasus I. bis Hadrian III. zitiert, um seine Argumente zu unterstützen. Diese Abhandlung ist bis heute in der Ostkirche ein Standardwerk bezüglich des Filioque.

886 starb Kaiser Basileios I. unerwartet. Sein Nachfolger, Leo VI. setzte Photius zugunsten seines sechzehn jährigen Bruders Stefan ab. Den Rest seines Lebens verbrachte Photius in einem Kloster in Armenien.

Zu den wichtigsten Werken von Photius gehören das Myriobiblon, eine Sammlung von christlichen und heidnischen Schriftstellern, die teils zitiert und teils zusammengefasst werden. Viele dieser Texte sind ca. durch dieses Werk erhalten.

Die Biblioteca, eine Sammlung von Notizen über die Lektüre von Klassikern, ist das einzige überhaupt erhaltene byzantinische Werk über Literaturgeschichte, ein wesentliches Zeugnis über den in dem 9. Jahrhundert beginnenden byzantinischen Humanismus.

Unter seinen zahlreichen theologischen Schriften sind die Ampilochia das bedeutendste, eine Sammlung von über 300 Fragen und Antworten zu schwierigen Bibelstellen, philosophischen und theologischen Problemen, gerichtet an den Erzbischof Ampilochius, daneben die Mystagogie, eine Abhandlung über den Heiligen Geist.

Von seinen ausführlichen Bibelkommentaren sind ca. Fragmente erhalten (insbesondere Matthäus und Römer). Erhalten sind über achtzig Predigten und etwa zweihundert Briefe aus allen Phasen seines Lebens.

Dazu kommen zahlreiche Streitschriften gegen das Filioque und das Jurisdiktionsprimat des Papstes, die heute noch zur orthodoxen Standardliteratur über das Thema zählen, und kirchenrechtliche Arbeiten.

Der Nomokanon, das klassische Werk des orthodoxen kanonischen Rechts wird ebenfalls Photius zugeschrieben, ist aber vermutlich älter und von ihm ca. revidiert.

Die herausragenden Fähigkeiten von Photius als Gelehrter und byzantischer Humanist werden von keiner Seite bestritten. Ebenso gibt es nirgends Vorwürfe gegen ihn bezüglich seines privaten Lebens - bei einer so umstrittenen Gestalt ein deutlicher Hinweis, dass es wirklich untadelig gewesen sein muss.

Als Figur der Kirchengeschichte wird er von orthodoxer und römisch-katholischer Seite an entgegengesetzen Polen platziert:

• Für die orthodoxe Kirche ist er ein Heiliger, der unter schwierigen Umständen und angesichts persönlicher Risiken die traditionelle Lehre der Kirche mit Mut und Geschick verteidigt hat. Sein Gedenktag ist am 6.02.
• Die römisch-katholische Kirche gibt ihm traditionell die alleinige Schuld für das Schisma (was nicht mit den heute bekannten historischen Fakten übereinstimmt) und sieht ihn als einen der schlimmsten Feinde der christlichen Kirche.